本校為鼓勵大學部學生繼續就讀本校相關系所碩士班，達成修讀一貫性，在北醫大5年就可取得學士及碩士學位。
目前申請資格為大學部學生修業滿5學期，符合各系所碩士班預備研究生甄選規定，即填寫申請表並檢附審查資料，參加甄選通過成為預備研究生。成為預備研究生後，可接受系所指定教授輔導選課、研究及參與計畫，完成大學部修業4年取得學士學位，即具碩士班研究生資格。
取得碩士班研究生資格後，預備研究生期間修習之碩士班必選修課程可依本校「學生抵免學分要點」辦理抵免，並納入學士班成績計算，惟碩士班課程已列入學士班畢業選修學分者，不得再申請抵免，僅得申請免修。目前參與系所：醫學科學研究所、醫學資訊研究所、醫學檢驗暨生物技術學系、醫學人文研究所、生醫材料暨工程研究所、生藥學研究所、藥學系、保健營養學系、公共衛生學系、護理學研究所（文/教務處）
