本校醫資所組成跨國團隊首次參加「i2b2國際臨床醫療自然語言處理競賽」即獲佳績

本校醫學資訊研究所與新南威爾士大學(UNSW)及中央研究院資訊科學研究所組成了跨國合作的「TMUNSW團隊」,在醫資所戴鴻傑助理教授帶領下,首度參加美國華盛頓特區舉辦的國際臨床醫療自然語言處理競賽(i2b2 Challenges in Natural Language Processing for Clinical Data)。

該競賽總共有20組研究團隊參與,TMUNSW於參賽的亞洲隊伍中獲得了第2名(所有研究團隊中排名第7),並被會議選為6個口頭發表的研究團隊中的其中一名。

i2b2國際臨床醫療自然語言處理競賽為美國醫學資訊學會(American Medical Informatics Association, AMIA)的其中一個workshop。從2006年開始,幾乎每年都會舉辦一次競賽,這次是第6屆。在美國華盛頓特區的華盛頓希爾頓飯店(Washington Hilton Hotel)舉行,各參賽隊伍的名次只在會議現場公布。本屆參賽隊伍分別來自美國、中國、英國、臺灣、法國以及南韓等,共計20組,其中有14組來自各大專院校,6組是各國政府研究單位。【右圖:i2b2 2014 Workshop會場】

大會於會議中公佈了所有參賽隊伍中的前10名,首度參與此項競賽的TMUNSW團隊,與美國國家圖書館(NLM)所組成的第1名團隊,各項分數差距平均為0.03,而與亞洲第1名,也是全會議第2名的哈爾濱大學組成的參賽隊伍差距則約為0.02。【圖:大會主持人(左圖)介紹今年比賽的統計數據(右圖),公布前10名的參賽隊伍,TMUNSW排名第7】

醫資所陳志瑋等同學藉由修習醫資所戴老師的「自然語言處理」課程參與此競賽,在大會提供的電子健康紀錄語料上進行額外的電子健康紀錄章節標注,並據此開發「context-aware time attribute assignment演算法」,解決比賽中各項心血管疾病遺傳因子之間的發生時間先後順序判斷的問題,大幅度的提升效能。北醫大醫資所與中研院資訊所及新南威爾士大學研究人員共同撰寫了會議論文「TMUNSW System for Risk Factor Recognition and Progression Tracking」,並於希爾頓飯店會議廳發表。

初步研究成果已發表於工程索引「Engineering Index」的研討會論文(Section Heading Recognition in Electronic Health Records Using Conditional Random Fields),並開放工具於https://sites.google.com/site/hongjiedai/projects/tmuclinicalnet供對臨床醫療自然語言處理有興趣之研究者下載使用。(文/醫學科技學院醫學資訊研究所)【圖:TMUNSW團隊成員張乃文在會議發表(右圖)】【下圖:戴老師(前排中)與醫資所修習自然語言處理的同學合影】

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