為促進北醫大體系癌症醫學研究及臨床照護的進展，臺北醫學大學結合了一校三院的人力與資源，成立「臺北癌症中心」，由素有台灣癌症之母的彭汪嘉康院士擔任院長，及國內知名癌症權威及《商業周刊》評選為百大良醫的邱仲峯醫師及許南榮醫師擔任副院長。
本校三家附屬醫院北醫附醫、萬芳、雙和於2009年、2010年及2012年，陸續獲得行政院衛福部國民健康局的最優等的「A級癌症診療品質認證」。
在此紮實基礎下，北醫大自2012年起籌設「臺北癌症中心」，整合三院已設置完整的「癌症中心」；同年4月1日在附設醫院開設「國際癌症特別門診」，提供個人化、全方位癌症團隊醫療服務；7月率先成立國內第一個臨床兒童腫瘤團隊。目前每年診治5千病例數，可謂國內及國際一流的癌症中心。【圖：「臺北癌症中心」組成跨專業醫療團隊】
■臨床醫療
癌症並非絕症，如能早期發現、早期診斷、早做治療，許多癌症是可以治癒的。癌症不同於其他的疾病，它具有擴散性、侵犯性，一旦忽略治療的一個環節，往往造成病情的耽誤，而要花費更多的時間、金錢，甚至導致病患喪失寶貴的生命。
因此，針對每一位癌症病人，從確定診斷出來，就應量身設計一套完整的病人導向個別治療計畫（patient navigator for individual service），按部就班地做各項處置，才能夠掌握每個病人不同病情，對症治療，克服癌症。而一個陣容堅強包括各科專家的團隊，就成為對付癌症的先鋒。【圖：閻雲校長（左1）及彭汪嘉康院長（左2）代領陣容堅強的醫療團隊，要作抗癌先鋒】
臨床兒童腫瘤團隊則敦聘世界級的兒童腫瘤專家、美國希望之城（City of Hope）癌症醫學中心前執行長梅傑斯（Dr. James S. Miser）擔任召集人，全力投入兒童固態腫瘤（Solid Tumor）臨床研究，並召集北醫、萬芳、雙和三家醫院各醫療領域的專科、次專科醫師專家，加入兒童腫瘤臨床團隊。
【圖：臺北醫學大學率先成立國內第一個臨床兒童腫瘤團隊】
臺北癌症中心組成跨專業醫療團隊，包括外科手術、化學治療、放射線治療及其他療法，這些治療步驟，從開始找出病人病灶，就要全盤掌握，訂定治療計劃需要腫瘤科醫師、病理科醫師、放射科醫師、外科醫師、放腫科醫師及內科、小兒科、婦產科、營養師等相關專家互相配合支援，由一位主治醫師負責，再會同所有必要參與會診的醫師，攜手合作，以團隊合作方式完成任務。
■教育訓練
為了培育下一代癌症專業人才，讓癌症教育能在北醫大深耕、發芽，三家附屬醫院及臺北癌症中心特舉辦了「癌症教育訓練計劃」。閻雲結合了體系內癌症專家為主要授課老師，設計23堂課程，自2013年9月起至103年2月，三家附屬醫院輪流擔任視訊主場地，當非實體院區授課，其他院區以視訊形式授課，每堂課1小時。內容從癌症基礎與臨床研究、提升跨領域的癌症治療及整合、建立癌症診斷、治療及追蹤的標準流程等，以增進實習醫學生、住院醫師、研究醫師及相關癌症照護同仁之專業知識，期望能進一步激發其學習動機，讓癌症研究能在下一代萌芽。
此外，本校醫學科技學院已於2011年與中央研究院合作開設了「癌症生物學與藥物研發博士學位學程」，結合中央研究院之高科技、專家及設備，調整課程結構，比照台大醫學院、國防醫學院、高雄醫學大學及中國醫藥大學與中研院的合作模式，雙方教授互聘，召募對該學程有興趣且具研究潛力之研究生，積極培育癌症領域的研究人才，目前學程共有9名本國生及1名國際生。【圖：閻雲校長（左圖）希望將畢生的癌症經驗傳承給北醫大的醫護人員及學子】
■研究發展
北醫大的「癌症研究中心」整合了校院的基礎與臨床研究團隊，已建立全島癌症研究網絡「癌症研究雲」並延攬多位中研院院士組成癌症研究團隊，如劉昉、彭汪嘉康、張文昌院士等。並利用衛生福利部補助之癌症卓越研究4年計畫（Center of Excellence for Cancer Research, CECR）為平台，促進北醫大團隊與美國NIH、美國COH、日本NCC、中央研究院基因體中心等國內外知名研究機構之學術合作，整合與促進北醫體系之跨院校之癌症相關研究的合作。【圖：北醫大團隊與國內外多所知名研究機構進行學術合作】
CECR計畫帶動了相關研究與計畫之申請，亦提升了研究論文之值與量。以該計劃研究成果之延伸，獲得官方補助（2012-2014）共120,000,000元，計有：
1.開發強效及廣效蛋白激酶抑制劑小分子 PE092002計畫與美國NCI合作成果。
2.獲得行政院行跨部會新藥選題單位補助PE092002肝癌治療新藥計畫（60,000,000/2年）。【圖：本校「癌症研究中心」已交出亮眼的成績單】
3.以中間產物azatyrosine，開發出一系列標靶型HDACi新藥，治療化療引發之黏膜潰瘍（HDACi for cancer chemotherapy-associated mucositis therapy），成果已獲評定為深具治療化療引發之黏膜潰瘍之潛力，於2011.10.22獲得經濟部學界科專計畫3年之支持（37,500,000/3年），往臨床前新藥開發推進。
4.尼古丁受體（α9 Nicotine Receptor）與乳癌之相關性與拮抗劑研發計畫成果獲得行政院國科會提升私校研發能量專案計畫補助（15,000,000/3年）。
5.101年度「生技醫藥國家型科技計畫」臨床群組轉譯醫學研究計畫（7,500,000/3年）。
目前以建構生物醫學資訊整合平台、尋找新穎腫瘤生物標記、抗癌新藥開發及人才培育與國際學術合作為研究平台。未來將研究方向聚焦於乳癌、大腸直腸癌、腦癌、攝護腺癌等4大癌症，期望達成橫向平台及縱向癌症研究的緊密結合，以建置完整的臺北醫學大學癌症研究體系。
