北醫經過系所整合後，96學年度新增了兩個研究所，分別為「醫學科學研究所」與「生醫材料暨工程研究所」。
醫學科學研究所
醫學科學研究所來自原有「醫學研究所基礎醫學組」、「細胞及分子生物研究所」、「醫學檢驗暨生物技術學系碩士班」、「藥理學研究所」及「神經科學研究所」等五所組整併而成。
為有效整合與運用教學研究資源，全面提升教育品質追求大學的卓越發展，求取最適當的經營規模與發展，唯有透過整併計畫的實施與推動，整合研究性質相近的師資與教學資源，強化研究群之團隊合作，期使在教學、研究與服務層面上發揮最大的效益，快速提昇競爭力。
由於北醫醫學院各研究所的教師在碩、博士班的教學與研究指導上均具備豐富的經驗，為吸引更多有志獻身於醫學研究的學生報考，為更有系統的吸引能量型研究生加入，整併後將不再受限於各單所之發展，可使師資陣容增加、預算經費增加、設備也更加充實，學生在選課上也有更寬廣的選擇性，將可提昇研究之質與量。
整併後的醫學科學研究所，分為基礎醫學組、細胞及分子生物組、醫學檢驗暨生物技術組、藥理組及神經科學組，共有師資43名，並再擬聘師資38名。
生醫材料暨工程研究所
生醫材料暨工程研究所來自於原有「生物醫學材料研究所」與「口腔科學研究所」兩所整併而成。
醫療品質的提昇，除依賴醫師的專業臨床訓練外，提供實用的醫學材料與裝置，並配合現代化的醫療儀器系統，將是新世紀醫療發展的重點。基於此，在以深耕口腔與醫學基礎科學研究的宗旨下，北醫於2000年與2003年先後成立「生物醫學材料研究所」與「口腔科學研究所」。然而隨著生物科技的發展與醫學技術的突破，醫療的本質已由傳統醫學演變為所有基礎科學的整合應用，也因此，新世紀的醫療必須在整合物理、化學與生物等基礎科學的基礎上，整合軟硬體組織替代材料發展技術，才能不斷地創新與進步。故北醫將上述兩所整併並更名為「生醫材料暨工程研究所」，以達到資源整合並發展複合性生醫科技的目的。（文／編輯部）
